Sasaran SPI Universitas Diponegoro adalah:
- Efektivitas penyelenggaraan organisasi seluruh unit pada Universitas Diponegoro dengan cara lebih efisien.
 - Efektivitas pelaksanaan program dan kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi.
 - Pengamanan aset Universitas Diponegoro.
 - Keandalan informasi dan laporan keuangan Universitas Diponegoro.
 - Kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan.
 
Lingkup penugasan SPI Universitas Diponegoro adalah:
- Melakukan audit non akademik di seluruh wilayah kewenangan Universitas Diponegoro.
 - Berkoordinasi dengan unit kerja terkait dan pejabat yang berwenang, baik di dalam maupun di luar Universitas Diponegoro.
 - Mengevaluasi efisiensi dan efektivitas pelaksanaan kegiatan unit kerja terkait.
 - Mengevaluasi keandalan dan pengelolaan sistem pengendalian internal non akademik.
 - Mengevaluasi kepatuhan terhadap peraturan dan perundang-undangan yang berlaku.
 - Mengevaluasi pengendalian sarana-prasarana untuk menjaga dan melindungi kekayaan Universitas Diponegoro.
 - Mengevaluasi pengelolaan keuangan Universitas Diponegoro yang mencakup; penganggaran, pelaksanaan, penatausahaan, akuntansi, pengawasan, dan pertanggungjawaban.
 - Mengevaluasi proses penyusunan sampai dengan pelaksanaan anggaran (RKAT).
 - Melakukan reviu atas indikator dan ukuran kinerja.
 - Melakukan reviu atas transaksi dan kejadian yang penting.
 - Melakukan reviu atas akuntabilitas terhadap sumber daya dan pencatatannya.
 - Melakukan reviu otorisasi atas transaksi dan kejadian penting.
 - Melaksanakan penugasan khusus yang relevan dengan lingkup pekerjaan, seperti mengidentifikasi dan mengungkap penyimpangan, kecurangan dan pemborosan.
 - Melakukan audit dan review pelaksanaan pengelolaan keuangan Undip atas permintaan Kementerian.
 
Dalam melaksanakan audit, SPI dapat membentuk tim ad-hoc dengan persetujuan Rektor. Selain itu, auditor diberikan imunitas hukum atas segala gugatan dan tuntutan terhadap rekomendasi, saran, pendapat dan segala tindakan dalam melaksanakan tugasnya.